“如何确保评估客观公正，是条例实施的难点。”中国人民大学土地制度与政策研究中心研究员林依标，曾做过土地估价师的他不无感慨地说。评估机构的公正性、客观性，也是评估征收办法所要解决的重要议题。条例虽然规定，房地产价格评估机构应当独立、客观、公正地开展房屋征收评估工作，任何单位和个人不得干预。但这只是原则性规定。
征求意见稿进一步明确，房地产评估机构、注册房地产估价师、评估专家委员会成员应当独立、客观、公正地开展评估、鉴定业务;与房屋征收部门有关人员、被征收人有利害关系或者是被征收人的，应当回避;应当回避而未回避的，评估结果或者鉴定意见无效。
针对这一规定，潘肖华说，在应当回避的对象中，应加入与征收行为有利害关系的内容，比如，即将参加该地段的开发商或该征收行为的直接受益者等，都应当回避，以保证评估的公正性。
另外，依条例规定，对评估确定的被征收房屋价值有异议的，可以向房地产价格评估机构申请复核评估。对复核结果有异议的，可以向房地产价格评估专家委员会申请鉴定。“这个鉴定结论是终局的，至关重要，过去在专家委员会的产生上很随意”。张兴奎说。
征求意见稿对此做了原则性规定，即省、自治区建设行政主管部门和设区城市的市房地产管理部门或者其授权的房地产估价行业组织，应当成立由房地产估价师以及城市规划、法律等方面专家组成的评估专家委员会，对房屋征收评估进行技术指导，受理房屋征收评估鉴定。但是，专家委员会成员如何产生，征求意见稿并不明确。有业内专家建议，为了保障公众和被征收人对评估专家委员会成员选任的知情权和监督权，防止不合格人员被选任为评估专家委员会成员，应当在征收评估办法中明确评估专家委员会成员选任公示程序。